制药工程系是最年轻的系，现有专兼职教师30多名。工程系重点建设专业是“药品生产技术专业”和“药品服务与管理专业”。2020年制药工程系增加的招生专业 “中药生产与加工”，中药生产与加工专业是响应国家的大健康理念而开设的，也是目前重庆市唯一一所开办这个专业的高等职业学院。
重庆化工职业学院制药工程系重点专业开设的核心专业课程 ：无机化学、有机化学、物理化学、生物化学、药物化学、药理学、药剂学、药物分析、药事管理学、制药工艺学、药品营销学和制药工程学等。
重庆化工职业学院制药工程系高度重视学生的实践教学，制药工程系的实训基地项目为重庆市财政资助的重点建设项目——“市级实训基地”。“市级实训基地”主要有小型片剂生产线、小型液体口服液灌装生产线、同时建设的还有药品质控和药物合成实训室等。
重庆化工职业学院制药工程系的培养目标是培养拥护党的基本路线，适应现代化工业生产、建设、管理和服务的一线员工。学生通过三年学习在德、智、体、美等方面全面发展，具有良好的化学药物生产工艺基本知识、实验操作技能及应用技能。具备化学药物生产和管理等方面的职业能力，完全能够适应药物的生产、药品分析检验、营销、经营岗位工作。具有社会责任感、具备一定创新能力的，可持续发展的高素质技术技能型制药行业专门人才。
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