吉首大学医学院于2000年9月8日由1958年创办的湖南省湘西土家族苗族自治州吉首卫生学校与1978建立的吉首大学医疗系合并组建成立。自医学院成立以来，在吉首大学党委行政的正确领导下，办学条件、办学层次和办学实力得到了不断改善和提高，教学与科研水平获得了前所未有的提升。2012年荣膺第一批卓越医生教育培养计划试点高校。
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学院教师积极投入教学改革和科学研究，近年来共承担包括国家自然科学基金、国家社科基金在内的各级科研课题140余项，拥有在研科研经费400多万元，发表学术论文800余篇，出版专著及编写教材50余部，获得各类省、州、和校级成果奖40余项。
一批教师担任着全国及全省各类学术要职。学院注重学生专业知识的学习和综合素质的培养，尤其注重基本操作技能的实训和专业实践能力的培养，毕业生以其专业知识扎实、工作能力强、作风朴实而深受用人单位的欢迎。
医学院拥有临床医学一级学科专业硕士学位授权点、两个生物学二级学科硕士学位授权点。开设有临床医学、护理学、针灸推拿学、医学影像技术和医学检验技术等五个全日制本科专业，护理学和针灸推拿学两个全日制专科专业;其中，针灸推拿学专业具有留学生招生权。医学院面向全国15个省(市)招生，在校生数达2700余人。
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