自动化工程系是我校“国家中等职业教育改革发展示范校”重点建设专业系之一，四川省机电专业高技能人才培训基地。设有电气自动化设备安装与维修、电子技术应用、机电设备运行与维护、工业机器人运行与维护等专业。本着“以人为本”的思想，强调“知会相融，德技双馨”的校训，以“教中学，学中做”为主要教学思想，各专业均拥有完善的实训环境；教学过程中采用“理论教学与实习教学融通合一、能力培养与工作岗位对接”的一体化教学模式，为专业可持续性发展以及学生良好的职业能力和社会适应能力的培养奠定了基础。
自动化工程系已形成一支年龄结构合理、理论基础扎实、实践能力突出、专兼结合的专业教学团队，教师中有四川省电子技术应用专业课改指导委员会成员、硕士研究生、电气自动化工程师和中高级职称，“双师型（一体化）”教师占专任教师90%。教师教学科研水平突出，自主研发的教研设备获得国家新型专利3项，多次获得各级各类教育教研、技能大赛奖励。
自动化工程系具有维修电工、无线电装接工、电子产品装配与调试等职业工种中高级培训和鉴定资格；同时还具有国家特种作业中低压电工的上岗证培训及办证资格。
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