新疆医科大学现有校本部、北校区、明园校区、仓房沟校区，另有在建的河马泉新校区占地2165亩。学校下设22个院部，开设26个本科专业，涵盖医学、管理学、理学、文学四个学科门类，形成了以医学类为主，其他学科相辅相成的专业结构与布局。其中有6个国家级特色专业、1个国家级人才培养模式创新实验区、5个国家级卓越医生教育培养计划项目、6个自治区重点专业。
校园环境优美，推窗见绿，出门见景，四季见花，学校配套设施设备完善，4G网络覆盖全校。拥有先进的网络计算机室、电子阅览室、多功能电教室、多媒体双控系统等。教学实训中心功能齐全，设施先进，专业特色鲜明。学校建有标准的塑胶田径运动场、篮球场、足球场、羽毛球场、形体室等。教室均配备多媒体教学设备、冷暖空调、手机充电插座等；学校学生宿舍全部为单元式学生公寓，寝室一般为六人间或四人间或八人间，寝室内配备空调、书桌、衣柜、网络端口以及独立的卫生间和淋浴设施。学生寝室实行24小时专人管理，学生食堂宽敞明亮，可同时容纳2000人用餐，餐厅提供20多种菜品供学生自主选择。
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