中药学院始建于1984年，是吉林农业科技学院的特色学院和骨干学院之一，下设3个专业系和1个中药研究所。现有中药学、中药资源与开发、中草药栽培与鉴定3个本科专业及中草药栽培技术、中药学、药品营销3个专科专业，2011年中药学学科被评为省级重点学科、中药资源与开发专业被评为省级特色专业，2013年中草药栽培与鉴定专业实践教学团队被评为省级优秀教学团队。
中药学院有药用植物、植物生理生化、中药栽培、植物保护、中药分析、中药检测、中药加工、中药制剂、中药提取、药物制剂等16个实验室，总面积为2000m2，仪器设备总值为1500多万元，长白山动植物资源利用与保护实验室于2011年被确立为省级重点实验室。校内实践教学基地拥有3公顷的药用植物种源圃，种植中药材310种;温室及药材生产田等25公顷;并与化东宝集团、云南白药丽江药业有限公司等50多家单位建立稳定的校外实习基地，为学生动手能力培养和就业提供了保证。
中药资源与开发专业:中药资源与开发专业是省级特色专业，现有教师28人，其中教授6人、副教授11人;博士研究生2人，硕士研究生22人。其中省级教学名师1人，省级特色专业带头人1名。中药资源与开发专业主要学习中药的基本理论和基本知识，获得调查分析中药资源和中药材培养生产、中药资源的综合开发和利用以及保护更新方面的知识和技能。学生将受到系统的中药资源与开发的专业基本训练，具有中药资源调查，中药原料的生产、加工，中药新药开发和中药资源的综合开发的基本能力。
中药资源与开发专业培养目标:中药资源与开发专业培养适应经济社会发展需要，掌握中药产量与分布、评价、中草药引种驯化、中药成分检测及分析、中药新产品开发等方面基本理论，具备中药资源调查、保护与开发等基本能力，具有一定创新精神和创业能力的德、智、体、美全面发展的应用型高级专门人才。
吉林农业科技学院中药学院专业简介及专业培养目标中草药栽培与鉴定专业：中草药栽培与鉴定专业于2008年开始招生，是吉林省唯一的中草药种植、鉴定的本科专业。中草药栽培与鉴定专业同中药学、中药资源与开发专业联合支撑“中药学吉林省重点学科”，2013年中草药栽培与鉴定专业实践教学团队被吉林省教育厅评为优秀教学团队。中草药栽培与鉴定专业学生系统学习中草药资源分布、栽培、采收加工及鉴定领域的基本理论、知识、技能, 受到系统的中草药专业的基本训练，具有中药加工与炮制、中药制剂和制剂分析的基本理论与技能。
中草药栽培与鉴定专业培养目标：中草药栽培与鉴定专业培养拥护党的基本路线，德、智、体、美全面发展，适应经济和社会发展需要，面向中药行业第一线，掌握中药学、生物学等基本理论、基本知识、基本技能，具备中草药栽培生产、品种选育、病虫害防治、中药鉴定、中药饮片加工、中药材营销等方面能力的应用型高级专门人才。
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